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真三维地质模型系统主要由五个核心模块组成，分别为虚拟钻孔模块、剖面处理模块、对应关系处理模块、模型处理模块和浏览模块。

虚拟钻孔模块的主要功能是编辑钻孔数据和建立剖面文件。
剖面处理模块的主要功能是建立模型的数据剖面。数据剖面由多边形、环和点元素组成。

主要操作内容包括：
1、专题的生成，剖面、多边形、环对象的生成、修改、复制粘贴操作。
2、剖面类型模板的生成与编辑。
对应关系处理模块的主要功能是建立起专题内剖面之间、多边形之间、环之间和点之间的对应关系，这样便建立起了建模元素之间在三维空间中的联系。

主要操作内容包括：
1、对应关系的手工建立
2、对应关系的自动建立
在剖面数据和剖面对应关系的基础上，便可以用模型处理模块建立和处理三维实体模型。模型生成后，用户可以任意设置模型的材质属性；设置环境的灯光属性；可以对生成的模型进行任意切割。

模型处理模块主要操作内容包括：
1、三维模型的生成和显示；
2、三维场景的设置：坐标轴、灯光等；
3、模型表面积和体积的计算；
4、模型显示属性的设置；
5、模型切割、切面的生成、显示；